(5’UTR), que contiene la secuencia más conservada entre todos los aislados que actualmente se conocen y que tiene un papel importante en la replicación. En segundo lugar el VHC codifica para una gran poliproteína precursora a partir de la cual las proteínas virales individuales se parten por medio de proteasas del huésped o codificadas por el mismo virus. Las proteínas estructurales se procesan a partir del extremo amino terminal de la poliproteína, mientras que las cuatro proteínas no estructurales (NS2 a NS5), lo hacen a partir del resto de la poliproteína precursora. El producto del gen C (núcleo o core) probablemente corresponde a la proteína básica de la nucleocápside viral que dará lugar al núcleo del VHC con un peso molecular de 19 a 22 kd (Fig 3). El VHC se replica al igual que otros flavivirus por medio de una cadena negativa de RNA intermediaria.
   La heterogeneidad genética del VHC (diferencias en cuanto a secuencia de nucleótidos), se observa en clonas procedentes de diversas áreas geográficas de diversos individuos en las mismas áreas y de un mismo individuo. Si se utiliza la comparación de secuencias como método de clasificación viral se conocen seis genotipos principales. Los tipos se han numerado del 1 al 6 y los subtipos a, b y c, en ambos casos en el orden de su descubrimiento.
   Se ha descrito que dependiendo de los genotipos la respuesta al tratamiento puede ser diferente; los que menos responden son aquellos que tienen el genotipo 1b.